Crédit d’impôt recherche (CIR) : conditions, contrôle fiscal et sécurisation

Le crédit d’impôt recherche (CIR) constitue l’un des principaux dispositifs fiscaux de soutien à la recherche et développement en France.

Prévu à l’article 244 quater B du Code général des impôts, il permet à certaines entreprises de bénéficier d’un crédit d’impôt calculé à partir de dépenses de R&D limitativement énumérées par la loi.

En pratique, le CIR est un dispositif puissant, mais également très contrôlé.

La difficulté ne tient pas seulement au calcul du crédit d’impôt : elle réside souvent dans la qualification des travaux, la justification des dépenses et la capacité de l’entreprise à défendre son dossier en cas de contrôle.

Cet article fait le point sur les conditions d’éligibilité du CIR, les principales dépenses prises en compte, les modalités de calcul et de déclaration, ainsi que sur les points de vigilance à connaître pour limiter les risques de remise en cause.

Les principales évolutions du crédit d’impôt recherche depuis 2025

La loi de finances pour 2025 a sensiblement modifié le régime du crédit d’impôt recherche, en réduisant notamment l’assiette des dépenses éligibles.

Les principales évolutions sont les suivantes :

• abaissement du taux forfaitaire des dépenses de fonctionnement appliqué aux dépenses de personnel, ramené de 43 % à 40 % ;
• suppression du dispositif spécifique aux « jeunes docteurs », qui permettait auparavant un doublement de certaines dépenses ;
• exclusion de certaines dépenses de l’assiette du CIR, notamment les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets, ainsi que les dépenses de veille technologique ;
• précision de la notion de subvention publique à déduire de l’assiette du crédit d’impôt.

Ces règles s’appliquent aux dépenses exposées à compter du 15 février 2025, ce qui implique, pour l’année 2025, une application différenciée selon la date d’engagement des dépenses.

Conditions d’éligibilité et dépenses prises en compte dans l’assiette du CIR

Les opérations de recherche éligibles au crédit d’impôt recherche (CIR) sont listées par l’administration fiscale dans son bulletin officiel BOI-BIC-RICI-10-10-10-20.

Le CIR ne bénéficie pas à toutes les dépenses techniques ou innovantes.

Les opérations éligibles sont celles qui relèvent de la recherche fondamentale, de la recherche appliquée ou du développement expérimental (article 49 septies F de l’annexe 3 du code général des impôts).

En pratique, l’administration fiscale et, le cas échéant, le ministère chargé de la recherche, vérifient que les travaux présentent un véritable caractère de recherche et développement, et non de simples opérations d’adaptation, d’ingénierie courante, de maintenance ou d’industrialisation.

Autrement dit, le fait qu’un projet soit complexe, coûteux ou innovant d’un point de vue commercial ne suffit pas, à lui seul, à le rendre éligible au CIR.

Il est essentiel pour l’entreprise de bien documenter l’état de l’art, les incertitudes scientifiques ou techniques rencontrées, les hypothèses retenues, les essais réalisés et les résultats obtenus.

En pratique, l’analyse de l’éligibilité des travaux de R&D s’appuie notamment sur des critères issus de la doctrine administrative, inspirée du manuel de Frascati, tels que la nouveauté, la créativité, l’existence d’incertitudes scientifiques ou techniques, le caractère systématique des travaux et la possibilité d’en formaliser les résultats.

Ces critères doivent être appréciés concrètement, au regard de la nature réelle des opérations menées.

Il sera fait observer que les dépenses de recherches éligibles doivent être déductibles du résultat imposable en France.

En outre, les dépenses de recherche doivent, en principe, être afférentes à des opérations localisées au sein de l’Union européenne ou dans certains États assimilés admis par les textes.

Cela étant, parmi les dépenses les plus sensibles figurent les dépenses de personnel.

Peuvent notamment être retenues les rémunérations et cotisations sociales obligatoires afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D.

Sous conditions, certains stagiaires et apprentis peuvent également être assimilés à des techniciens de recherche, à la condition que l’entreprise soit en mesure de démontrer, par des éléments précis et détaillés, qu’ils apportent un soutien technique indispensable aux projets de recherche.

Des dépenses afférentes à du personnel mis à disposition peuvent aussi être prises en compte, sous réserve notamment que les charges soient refacturées au coût exact et que les personnes concernées soient elles-mêmes directement et exclusivement affectées aux opérations de R&D.

En pratique, l’un des points de contrôle les plus fréquents tient à l’absence de justification suffisamment précise de l’affectation réelle du personnel aux projets de recherche.

Ouvre également droit au CIR les rémunérations des dirigeants non-salariés d’une société soumise à l’impôt sur les sociétés, pour leur participation directe et personnelle aux travaux de recherche.

Cela étant, l’assiette du CIR comprend également certaines dépenses de fonctionnement déterminées forfaitairement, selon les règles prévues par l’article 244 quater B précité du Code général des impôts.

S’agissant des cotisations sociales obligatoires comprises dans l’assiette du CIR, il s’agit en général de celles versées par l’employeur aux régimes obligatoires de sécurité sociale.

Concernant les dépenses externalisées, elles peuvent être prises en compte dans la base de calcul du CIR, lorsqu’elles sont sous-traitées notamment à des organismes de recherche publics, ou à certains organismes de recherche privés ou des experts agréés.

Pour que les dépenses externalisées soient prises en compte dans le calcul du CIR, il est nécessaire qu’elles soient afférentes à des opérations de recherche nettement individualisées.

A noter que les dépenses externalisées sont retenues dans l’assiette du crédit d’impôt dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche éligibles.

Avant l’entrée en vigueur de la loi de finances pour 2025, certaines dépenses liées aux brevets, telles que les frais de prise, de maintenance et de défense, pouvaient être retenues dans l’assiette du CIR sous conditions.

Toutefois, ces dépenses sont désormais exclues du dispositif pour celles exposées à compter du 15 février 2025.

Cela étant, la base de calcul du CIR doit, le cas échéant, être corrigée de certains montants.

Ainsi, les subventions publiques reçues en raison des dépenses ouvrant droit au crédit d’impôt doivent, selon les cas, être déduites de l’assiette du CIR.

De même, certaines rémunérations versées à des intermédiaires pour des prestations de conseil liées à l’obtention du CIR doivent être déduites de la base de calcul.

Tel est notamment le cas des rémunérations proportionnelles au montant du crédit d’impôt obtenu (« success fees »), ainsi que, sous certaines limites, de certains honoraires forfaitaires de conseil.

Ces points sont particulièrement sensibles en pratique, car ils donnent fréquemment lieu à des rectifications en cas de contrôle.

Comment sécuriser un crédit d’impôt recherche ?

La sécurisation du CIR repose d’abord sur la qualité de la documentation préparée par l’entreprise.

Il est essentiel de conserver un dossier technique et financier structuré, permettant de justifier :

• la nature exacte des travaux ;
• l’existence d’incertitudes scientifiques ou techniques ;
• les personnels impliqués ;
• le temps effectivement consacré aux projets ;
• les contrats de sous-traitance et les agréments requis ;
• les modalités de calcul du crédit d’impôt.

En pratique, il peut être difficile de savoir si tel ou tel projet de recherche remplit précisément chacun de ces critères.

C’est pourquoi les entreprises, ou les sociétés concernées, déposent généralement une demande de rescrit auprès de l’administration fiscale.

L’article L.80 B du livre des procédures fiscales prévoit en effet la possibilité d’interroger l’administration fiscale pour obtenir sa prise de position formelle sur l’éligibilité du projet de recherche au CIR.

Il est également possible de s’adresser au ministre chargé de la recherche, pour obtenir la confirmation de l’éligibilité du projet de recherche au CIR.

La demande de rescrit doit être déposée 6 mois au moins avant la date de la demande de crédit d’impôt (déclaration spéciale n°2069-A).

C’est le même délai qui est requis pour l’obtention du crédit d’impôt innovation. A noter que le crédit d’impôt innovation obéit à des règles propres même s’il s’inscrit dans le même environnement fiscal.

La demande doit être déposée selon les formes prévues par un modèle découlant d’un arrêté en date du 28 novembre 2014.

A noter que l’absence de réponse pendant 3 mois à la demande de rescrit vaut accord implicite.

Toutefois, pour pouvoir opposer cet accord implicite à l’administration fiscale lors d’un contrôle, il est impératif que le rescrit soit déposé dans les formes prescrites.

En pratique, la rédaction de la demande de rescrit doit être particulièrement soignée, afin d’éviter toute irrégularité de nature à priver la prise de position de son effet protecteur.

Les modalités de calcul du crédit d’impôt recherche

Conformément aux dispositions de l’article 244 quater B du code général des impôts, le CIR s’élève à 30% de la fraction des dépenses de recherche d’un montant inférieur à 100 millions d’euros et à 5% au-delà de ce plafond.

Le CIR est calculé par année civile. La date de clôture de l’exercice de la société concernée importe peu. Il en va de même pour la durée de l’exercice.

En pratique, le CIR s’impute sur l’impôt dû par l’entreprise ou la société au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses de recherche éligibles sont exposées.

Si l’exercice de la société ne coïncide pas avec l’année civile, cette imputation est réalisée au titre de l’exercice clos l’année suivante.

Lorsque le montant du CIR dépasse le montant de l’impôt dû, l’excédent est alors constitutif d’une créance sur l’état.

Cette créance peut permettre de régler l’impôt dû au cours des trois années suivantes. A l’expiration de cette période, si l’excédent n’a pas pu être imputé en totalité, un remboursement est effectué pour la fraction correspondante.

A noter que les entreprises nouvelles et les jeunes entreprises innovantes peuvent demander le remboursement immédiat du CIR. Il en va de même pour les entreprises en redressement ou liquidation judiciaire.

En pratique, la créance concernée peut être mobilisée auprès d’un établissement bancaire. Elle peut également être cédée à un organisme de titrisation.

Pour bénéficier du CIR, les entreprises concernées doivent souscrire, par voie électronique, le formulaire n°2069-A.

Si l’entreprise expose plus de 100 millions de dépenses de recherche par an, elle est tenue de souscrire un état spécial (formulaire n°2069-A-1).

Si l’entreprise a confié les opérations de recherche à des sous-traitants, elle doit alors souscrire un état annexe n°2069-A-2.

Les entreprises concernées doivent également souscrire la déclaration récapitulative des réductions et crédits d’impôt n° 2069-RCI-SD, dans les conditions de droit commun.

Contrôle fiscal du CIR et causes fréquentes de remise en cause

Le CIR fait l’objet d’un contrôle régulier de la part de l’administration fiscale, laquelle peut solliciter le ministère chargé de la recherche pour apprécier le caractère scientifique ou technique des travaux déclarés.

En pratique, les principales causes de remise en cause du CIR sont les suivantes :

• qualification insuffisante des travaux de R&D ;
• intégration de dépenses de personnel ne correspondant pas à de véritables chercheurs ou techniciens de recherche ;
• défaut de traçabilité du temps passé sur les projets ;
• prise en compte erronée de dépenses de sous-traitance ;
• omission de déduire certaines subventions publiques ;
• absence de déduction de certains honoraires de conseil ;
• insuffisance du dossier technique permettant de justifier l’état de l’art, les verrous scientifiques ou techniques et la démarche expérimentale suivie.

Lorsqu’elle envisage une rectification, l’administration doit notifier une proposition de rectification motivée.

Si elle s’appuie sur l’avis du ministère de la recherche, elle doit en reproduire les éléments essentiels dans cette proposition.

Le délai de reprise de l’administration fiscale en matière de CIR expire la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale n°2069-A.

Vous souhaitez en savoir plus sur le crédit d’impôt recherche ? Dans ce cas, vous pouvez nous contacter via notre formulaire de contact.

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